南（北）朝刘宋元嘉二十年（公元 443 年），太医令秦承祖奏准创建医学教育机构教授学生，同时还设立了太医博士、太医助教等医官。
到了公元 6 世纪的隋朝，创立了「太医署」这样一个机构，主要是一些太医们集中在一起办公的地方，但是隋「太医署」的规模不大，设置不全，所以只能算是医学校的初级阶段，并不能算正规的医学校。
我国第一座由国家举办的正式医学专科学校是唐高祖武德七年（公元 624 年），在长安建立的唐「太医署」。
唐「太医署」由行政、教学、医疗、药工四大部分组成，与现在医学院（校）的教育行政机构设置相类似。
唐「太医署」由皇家直属，设太医令 2 人，是「太医署」的最高行政官员，相当于现在医学院（校）的校长职务；还设立太医丞 2 人，他们是太医令的助手。太医丞手下则有医监 4 人，医正 8 人。以上 18 人都是「太医署」的行政长官。
「太医署」分医学部和药学部。医学又分四大科：医科、针科、按摩科（包括伤科）和咒禁科。四科之中，医科最大，总共有 164 人，其中医师 20 人，医工 100 人，医生 40 人，典药 2 人，医博士 1 人，医助教 1 人。
学生入学后，必须先学《素问》、《神农本草经》、《脉经》、《甲乙经》等基础课程，然后再分专业学习。学生都由「太医署」中的博士、助教教课，分专业学习为「一曰体疗，二曰疮肿，三曰少小，四曰耳目口齿，五曰角法」。
当时还规定学习年限：「体疗者七年成，少小及疮肿五年，耳目口齿之疾并角法二年成。」实际上体疗相当于内科，少小为小儿科，疮肿为外科，耳目口齿为五官科，角法是一种外治方法。
其他三科中，针科共有师生员工 52 人，其中博士 1 人，助教 1 人，针师 10 人，针工 30 人，学生 20 人。针科学生先学医学基础理论，然后重点学习针灸专科。按摩科以学习按摩专门技术为主。咒禁科主要学习道禁和佛教中的五禁。
「太医署」规定学生除了入学考试以外，月、季、年都有考试。对于学习 9 年仍不及格者，即令退学。而对于考试成绩优良的，予以奖励。太医署不仅规定对学生定期考核，而且「凡医师、医正、医工，疗人疾病，以其痊多少而书之以为考课」。对于教师和教辅人员的考核制度保证了师资队伍的质量，这样也保证了整个医学校的教育质量。
药学部包括「府二人，史四人，主药八人，药童二十四人，药园师二人，药园生八人」。药学部还设有药园，所以当时不仅从理论上，还通过实践培养药学人材。由于唐代对药学较为重视，就为我国第一部药典——《新修本草》的问世做好了准备。
我国第一所医学校——唐「太医署」为我国唐代培养了不少医学人才，以后历代都设立类似唐「太医署」的医学校。历代不少名医都来自医学校，如宋代朱肱、陈自明，元代危亦林、齐德之，明代徐春甫、薛己等。
