藿香正气水除了祛暑外，还有以下个特殊用途：
西医称之为“胃肠感冒”，多有发热、汗出热不退、鼻塞、鼻涕粘稠，伴有上吐下泻、头昏重胀痛、身重疲惫、心烦口渴、胸闷及恶心、呕吐等症状，方中广藿香油能解表化湿，理气和中，同时其它诸药与之协同，加强调节胃肠作用，止呕吐泻泄，故藿香正气水能有效地对症治疗。
2. 调理肠胃
藿香含挥发油，能促进胃液分泌，增强食欲和消化机能，并对胃肠有解痉、防腐作用，故有芳香健胃之功，而为本方主药。紫苏、生姜、陈皮，均能使消化液分泌增加，抑制肠内异常发酵，促进积气排出，故可加强主药藿香行气健胃之力。
紫苏尚可增强胃肠蠕动；陈皮则可缓解胃肠平滑肌之痉挛；白术所含挥发油少量时亦能缓和胃肠蠕动；半夏则有较为明显的镇吐效能。诸药配合，以纠正胃肠功能紊乱，有利于呕吐、腹泻等症状的缓解。
3. 抑菌、抗病毒
厚朴有广泛抗菌作用，其抗菌成分较稳定，不易被热、酸、碱等所破坏。试验证明，其对金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌、痢疾杆菌等均有抑制作用。紫苏对大肠杆菌、痢疾杆菌、葡萄球菌等亦有抑制作用。
藿香所含广藿香酮则对金黄色葡萄球菌、绿脓杆菌、大肠杆菌、痢疾杆菌、甲型溶血性链球菌、肺炎双球菌，均有抑制作用。
4. 调理水土不服
藿香正气水(液)具有解表化湿、理气和中的作用，可以缓解消化不良、呕吐、腹泻等胃肠道不适。
5. 缓解空调病
夏天冷风吹多了，会受寒感冒，或腹痛、腹泻。这些症状可内服藿香正气水(液)缓解。
6. 蚊虫叮咬
用适量的藿香正气水外搽患部3-5分钟，很快就能消除瘙痒。
