医药流通业是指从事药品或药品服务的流动与交易的行业，也就是医药产品或服务从企业到消费者的整个过程。狭义的流通业一般包括零售业、批发业、物流业和与现代物流业相关的IT技术服务及软件业。由于零售业、批发业和软件业已是十分明确的增值税应税项目，“营改增”对医药流通业的影响实质上是医药物流业及相关的IT技术服务业在“营改增”背景下的影响。
“营改增”后，对医药流通业的首要影响就是加重了其短期内的税负。
按照“营改增”政策，医药物流业属于交通运输业范畴，适用税率由营业税的5%调整至增值税的11%。相对于其他行业，包括医药流通业在内的物流行业在试点初期并未尝到减税的甜头，反而面临税负加重的问题。
中国物流与采购联合会日前发布的2013年上半年物流行业形势分析报告指出，物流企业普遍反映“营改增”后税负加重。以上市公司九州通医药集团为例，九州通集团下属五家物流企业2013年平均税负率为4.71%，上年同期平均为2.73%。“营改增”后，税负率同比上升了72.74%。
从短期来看，受“营改增”影响，医药物流业税负的确有所增加。但是从长远看，“营改增”实际上是有利于促进医药物流行业健康发展的。
一方面，由于增值税一般纳税人能够独立开出增值税专用发票，客户为了实现进项税额的抵扣会更加愿意购买医药流通企业的产品或服务，医药流通企业可以因此稳定和扩大客户队伍，分享增值税带来的业务新机遇。
另一方面，成为增值税纳税人后，集团内部企业之间的关联交易将不再重复缴纳营业税，公司购买的外包服务等也可以纳入进项抵扣，有利于企业精细化和专业化的分工协作，有利于企业向更高目标发展。同时，“营改增”后，相关行业将迎来一轮新的整合高峰，其中的优质企业可以趁势而起，淘汰落后企业，提升整个行业竞争力水平。
税费不统一，影响行业发展
“营改增”对医药流通业的另一个重要影响，就是各环节税率不统一，制约了行业的发展。我国现行营业税制度将物流业务划分为交通运输业与服务业两类税目，运输、装卸、搬运税率为3%，仓储、配送、代理等税率为5%。
而“营改增”政策将物流业分为“交通运输服务”和“物流辅助服务”两类应税服务项目，交通运输服务按照11%的税率，物流辅助服务按照6%的税率征收增值税。物流业务各环节税目不统一、税率不相同、发票不一致，是多年来困扰物流业发展的政策瓶颈，作为物流业的重要分支，医药流通业的发展也因此受到限制。
合并纳税难
在实务中，医药流通业的一些具体问题亟待明确。根据“营改增”政策，两个或两个以上纳税人，只有经财政部和国家税务总局批准后，才能视为一个纳税人合并纳税。
但是，对于众多的医药流通业而言，就合并缴纳增值的事宜得到财政部和国家税务总局的批准并非易事，而且容易产生寻租空间，导致税收政策环境的不公平，进而不利于企业发展。
从实际情况看，由于一体化运作、网络化经营的需要，医药流通企业普遍采用总部统一采购运输工具，分公司实际运营的方式，造成分公司可抵扣的进项税额很少，而总部形成大量进项税留底的情况。如果允许集团化的物流企业合并缴纳增值税，将平衡集团内税收负担，有利于促进医药流通企业向集团化方向发展。
发票开具问题怎么解决？
同时，医药流通企业发票开具的问题也很值得关注，目前，有些医药流通企业每次开票金额小，但是开票频率高、发票需要量大。比如中外运长航集团下属华东公司，每月开具发票约2.5万份，取得的发票则超过10万份。医药流通企业在发票的购买、开具、比对等方面工作量太大，不仅企业增加了人力成本，也给税务机关增值税发票征管工作带来很大不便。
另外，现行的增值税会计核算方法不符合医药流通行业的特点。多年来，医药流通行业等现代服务业形成了自身会计核算方法。《上海市财政局关于本市营业税改征增值税试点有关差额征税会计处理的通知〔试行〕》（沪财会〔2012〕8号）对试点纳税人会计核算作了规定，要求物流企业确认收入成本的同时确认增值税额。
在实际业务中，医药流通行业收入成本确认方式，开具发票和取得发票的时点与原增值税一般纳税人企业不尽相同，该文件实务中难以操作。加之大部分大型医药物流企业已经形成了差额纳税的财务处理流程，企业账务系统改造和会计核算调整需要一定的时间和资金投入，严格按照规定进行会计核算很难一蹴而就。
