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中药胡黄连与黄连，只因名称一“字”之差，险让人为之混淆。虽这两者药材均为苦寒清热燥湿之品，善除胃肠湿热，同为治湿热泻痢之良药，但胡黄连善退虚热，除疳热;而黄连则善清心火，泻胃火，为解毒要药。除此，二者在来源、性状，功效也各有所长，使用时需注意区别。
一、来源区别
1.胡黄连：为玄参科植物胡黄连 Picrorhiza scrophulariiflora Pennell 的干燥根茎。
2.黄连：为毛茛科植物黄连Coptis chinensis Franch.、三角叶黄连Coptis deltoidea C.Y.Cheng et Hsiao或云连Coptis teeta Wall.的干燥根茎。以上三种分别习称“味连”、“雅连”、“云连”。
二、性状区别
1.胡黄连：本品呈圆柱形，略弯曲，偶有分枝，长3～12cm，直径0.3～1cm。表面灰棕色至暗棕色，粗糙，有较密的环状节，具稍隆起的芽痕或根痕，上端密被暗棕色鱗片状的叶柄残基。体轻，质硬而脆，易折断，断面略平坦，淡棕色至暗棕色，木部有4～10个类白色点状维管束排列成环。气微，味极苦。
2.黄连(味连)：多集聚成簇，常弯曲，形如鸡爪，单枝根茎长3～6cm，直径0.3～0.8cm。表面灰黄色或黄褐色，粗糙，有不规则结节状隆起、须根及须根残基，有的节间表面平滑如茎秆，习称“过桥”。上部多残留褐色鳞叶，顶端常留有残余的茎或叶柄。质硬，断面不整齐，皮部橙红色或暗棕色，木部鲜黄色或橙黄色，呈放射状排列，髓部有的中空。气微，味极苦。
三、功能与主治区别
1.胡黄连：退虚热，除疳热，清湿热。用于骨蒸潮热，小儿疳热，湿热泻痢，黄疸尿赤，痔疮肿痛。
2.黄连：清热燥湿，泻火解毒。用于湿热痞满，呕吐吞酸，泻痢，黄疸，高热神昏，心火亢盛，心烦不寐，心悸不宁，血热吐衄，目赤，牙痛，消渴，痈肿疔疮;外治湿疹，湿疮，耳道流脓。
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