这也是我们最熟悉的部门，药品调配，发药分开，双人核对，双重保险，确保药品发放准确、及时。发药时严格执行 “四查十对”制度，保证了药品的准确。设置药物咨询服务窗口，随时解答医师及患者所提出的有关药品知识方面的问题，普及合理用药知识。门诊药房还承担了急诊病人用药，24小时全天候为医院提供用药保障。
主要担负着向全院各个病区供药的工作，确保临床用药安全、合理、有效。药房整体布局合理，药品摆放有序。住院药房的同志严格遵守药房管理条例，毒、麻、精神药品实行五专管理（专人、专帐、专柜、专方、专册）。
草药房与中医科的专家密切配合，负责全院门诊及住院病人中药处方的调剂，并严格按照各有关规定做好中药的储存及管理工作。
药库是药品储存和供应的基地，现有各类西药品种近700种，中药品种200余种，草药400余种。承担全院药品目录药品的采购、储存、保管、供应工作。药库有严格的药品出入库管理和药品效期管理，严格保证药品质量。严格执行《药品管理法》及相关政策法规。建立健全了药品质量全面管理制度，坚持正规渠道进药，严格执行国家物价政策，杜绝伪劣药品进入医院，为提高医疗质量和病人用药的安全有效提供了有力保证。
负责本院药品不良反应资料的收集、整理、分析、评价和上报，在以病人为中心的药学服务理念指导下，尽一切可能为病人提供优质周到的服务，为广大患者提供一个安全用药环境。
2015年12月1日，吉木萨尔县人民医院实施药品零差率销售，药品零差率销售共让利患者600余万元，让利人数达10万人次，使群众切实享受到了医改的成果。
