本病潜伏期约为 2 ～ 4 天 (柯萨奇病毒潜伏期 1 ～ 14 天，一般为 3 ～ 5 天，隐形感染多见，成人 50% ～ 80% 为无症状的感染，20% ～ 25% 的肠道病毒感染性疾病是由柯萨奇病毒引起的)，发热一般会持续 2 ～ 4 天，疱疹一般紧随发热而至。
在大多数情况下，疱疹性咽峡炎大多预后良好，呈自限性过程，自然病程一般为 4 ～ 6 天，少数至 2 周，大可不必谈「疱」色变。
疱疹性咽峡炎不一定就是手足口病，但也可认为是一种特殊类型的「手足口病」，应提高警惕，但只要早发现、早诊断，早期识别危重信号，及时就诊，合理治疗，一般都可顺利康复。
1. 注意观察患儿是否有新的症状、体征出现或原有症状、体征有无加重或恶化，重点注意有无前面所说的危重信号出没。
应密切观测患儿的精神状态、有无肢体抖动、易惊、皮肤温度以及呼吸、心率、血压等，一旦出现危重信号，需及时就诊或复诊。
2. 呼吸怎么观察？主要观察宝宝有没有呼吸困难和/或呼吸频率加快的情况，5 岁以上儿童 ＞ 30 次/分钟；1 岁 ～ 5 岁 ＞ 40 次/分钟；2 月龄 ～ 12 月龄 ＞ 50 次/分钟；新生儿 ～ 2 月龄 ＞ 60 次/分钟。
如果有持续或频繁出现呼吸困难和/或呼吸频率加快，那么肺炎的可能性就比较大了，需要及时就医了。
3. 定期监测体温：一般每 4 个小时可以测一次体温，如体温超过 38.5℃（腋温），每 1 ～ 2 小时测一次体温，并要注意有无寒战、惊跳、烦躁不安、胡言乱语、出现幻觉或甚抽搐等情况，进行退热处理后 1 小时应重测体温。
1. 注意观察患儿是否有新的症状、体征出现或原有症状、体征有无加重或恶化，重点注意有无前面所说的危重信号出没。
应密切观测患儿的精神状态、有无肢体抖动、易惊、皮肤温度以及呼吸、心率、血压等，一旦出现危重信号，需及时就诊或复诊。
2. 呼吸怎么观察？主要观察宝宝有没有呼吸困难和/或呼吸频率加快的情况，5 岁以上儿童 ＞ 30 次/分钟；1 岁 ～ 5 岁 ＞ 40 次/分钟；2 月龄 ～ 12 月龄 ＞ 50 次/分钟；新生儿 ～ 2 月龄 ＞ 60 次/分钟。
如果有持续或频繁出现呼吸困难和/或呼吸频率加快，那么肺炎的可能性就比较大了，需要及时就医了。
3. 定期监测体温：一般每 4 个小时可以测一次体温，如体温超过 38.5℃（腋温），每 1 ～ 2 小时测一次体温，并要注意有无寒战、惊跳、烦躁不安、胡言乱语、出现幻觉或甚抽搐等情况，进行退热处理后 1 小时应重测体温。
1. 宜清淡、可口、易消化饮食为主，予以温凉的与年龄相应的烹饪软烂或流质、半流质食物，如面汤、稀饭、米糊、母乳等，避免过咸、过酸、辛辣等刺激性食物。
2. 在发病的一周内，休息很重要，尽量限制其活动量以防止过度疲劳；注意保持口腔清洁卫生，每次餐后宜用温凉开水漱口或直接饮用适量的温凉开水。
3. 溃疡处涂抹鱼肝油、锡类散等有助于缓解疼痛。
4. 注意勤洗手 (尤其是在饭前便后)，建议使用肥皂或洗手液并用流动水洗手，不用污浊的毛巾擦手，以避免重复感染或交叉感染。
肠道病毒在 4℃ 可存活 1 年，在 -70℃ ～ -20℃ 仍可长期存活，在外环境中病毒可长期存活，但不耐高温。患儿玩过的玩具、用过的奶具、碗筷或其他衣物等生活用品都应彻底消毒。
怎么消毒是有讲究的，有效消毒的方法包括 (但不限于)：
1. 如可浸泡且耐高温的物品如奶瓶、碗筷等餐具可以用水煮沸消毒，病毒在煮沸时可立即死亡，所以，煮沸后待其自然冷却即可；
2. 如不能用来煮的，但可以耐高温且可浸泡的（如衣物等），可用热水浸泡，注意，水温要求维持 56℃ 以上，浸泡至少 30 分钟；
3. 对于可以擦洗或浸泡的地板、玩具、家具或其他不会浸湿的物品用酒精消毒是无效的，需要用含氯的消毒剂（具体参照产品说明书使用，如 84 消毒液，应注意其有一定的腐蚀性）或高锰酸钾等浸泡，消毒后可用清水再擦洗或浸泡后晾干，至少待 30 分钟以后使用；
4. 如有条件，可以用紫外线灯直接照射 0.5 ～ 1.0 小时，但只限于光线所能照射到的物体表面；
5. 有阳光普照时可以将需要消毒的物品放置于太阳底下暴晒 0.5 ～ 1.0 小时，但只限于阳光所能照射到的物体表面；
6. 卫生间马桶等用具可用漂白粉等来消毒；
7. 家长或照顾者在接触患儿前后、给患儿更换尿布/尿不湿和处理大便后都应戴手套或注意用肥皂和清水洗手。
1. 预防才是最重要的：预防措施与手足口病的一摸一样，养成良好的个人卫生习惯，尤其是勤洗手，正确的洗手。
2. 在高发期，尽量少去人群比较集中的，空间比较封闭或是半封闭的地方，包括幼儿园、学校、早教中心、超市、商场、游乐场等公共场所。
3.
目前已经有中国自主研发的全球首个肠道病毒 71 型（EV71）灭活疫苗了，这将是预防由 EV71
病毒感染引起的疱疹性咽峡炎、手足口病、无菌性脑膜炎、脑干脑炎和脊髓灰质炎样的麻痹等疾病最有力的武器，可以减少疱疹性咽峡炎、手足口病的重症和死亡病例的发生。
