藿香正气水（散、丸）自宋代以来，一直作为祛暑解表、理气化浊和中的要药，常用于治疗外感风寒、内伤湿滞、头痛昏重、脘腹胀痛、呕吐泄泻等病症，但随着医药学的发展，人们对藿香正气水的不断认识，在临床实践中发现它有更广泛的用途，尤其在治疗皮肤科疾病中较为显著。
外痔：每次用藿香正气水两支，配凉开水一千毫升，以药棉搽洗，每日两次，在炎症期发作时有消炎止痛、促使萎缩的作用。
白癜风：中医认为是风湿二邪侵入毛孔，以致气血瘀滞，毛窍闭塞而成，而藿香正气水有芳香通窍，促使气行的作用，气为血帅，气行则血行，血行则瘀散。其用法是每日用净布蘸藿香正气水涂搽患部，微微用力，反复蘸搽至皮肤微红为度，一日两次。
头癣、手足癣、灰指甲：现代医学认为，是皮肤癣菌感染所引起，而藿香正气水中的藿香、紫苏、白芷、桔梗分别对多种致病真菌有较强的抑制作用，故而在临床中治疗头癣、手足癣、灰指甲有较好的疗效。以藿香正气水涂擦患部，每日一至二次，有条件可每日多搽几次。
疖：中医一般分为暑疖和多发性疖病，认为是内郁湿热、血热或外受风热暑邪而成；现代医学认为是葡萄球菌感染所致，而方中的紫苏等成份有抑制葡萄球菌的作用。方中藿香芳香化湿，白芷发表、祛风、胜湿，故能散郁除湿治疗疖及疖病。用法是用棉签蘸藿香正气水，一日多次涂搽患部。
外阴瘙痒：因藿香正气水是由抗多种致病菌和杀灭滴虫的藿香、紫苏、白芷、生姜等所组成，故治疗外阴瘙痒有较好的疗效。用法是以藿香正气水一比五十兑凉开水清洗外阴，男女皆可用。凡用此法的患者大都反应，不但治疗效果好且清洗后有一种爽快感，由此联想到藿香正气水稀释液可制作性器官的保健清洗剂。
