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国务院国办发〔2017〕67号《建立现代医院管理制度的指导意见》（以下简称《指导意见》）指出：健全医院决策机制。特别强调了保证党组织意图在决策中得到充分体现，发挥专家治院的作用。
院长全面负责不等于“院长负责制”
《指导意见》明确提出，院长全面负责医疗、教学、科研、行政管理工作。新医改以来为何没有重提传统的公立医院院长负责制，实践告诉我们，公立医院公益性不是院长可以负的责任，院长不应是董事长或理事长，应该是总经理的角色，按照公立医院的办院宗旨，履行股东会或理事会的决定而已。
传统的“院长负责制”，1982年,卫生部颁布的《全国医院工作条例》规定:"医院实行党委领导下的院长负责制",这是扩大医院自主权、改变医疗机构内党政不分现象的重要尝试. 1985年,国务院批转了卫生部《关于卫生改革若干政策问题的报告》,要求各级卫生机构要积极创造条件实行院、所、站长负责制,以扩大全民所有制卫生机构的自主权.于是,各级医院陆续实行了院长负责制的管理体制,强化了以院长为首的行政管理和指挥系统,使院长的责权达到统一,消除了在体制上长期存在的党政不分、职责不清的弊端,使医院工作效率得到了进一步提高.1997年1月,《中共中央、国务院关于卫生改革与发展的决定》提出:"卫生机构实行院(所、站)长负责制,要进一步扩大卫生机构的经营管理自主权".2000年3月30日,中共中央组织部、人事部、卫生部《关于深化卫生事业单位人事制度改革的实施意见》指出:"卫生事业单位实行并完善院(所、站)长负责制.要建立和完善任期目标责任制,明确院(所、站)长的责、权、利.要充分发挥党组织的政治核心和监督保证作用,依靠职代会实行民主管理和民主监督,建立有效的监督保障机制".
公立医院作为公益性事业单位，事关社会经济发展、政治稳定和人民群众的切身利益，与医院有没有一个良好的领导体制密切相关；但是院长负责制的领导体制下，院长到底该负什么责？负多大的责？为谁负责？如何负责？院长能不能负起这么重大的责任应认真地反思。
实践证明，院长负责制，关键是混淆了所有者与经营者的关系，院长不仅是医院的经营管理者，还成了医院所有者的代表，院长的角色是董事长兼总经理，院长负责制，成为院长拥有一切权利的代名词，拥有任意裁量权，完全取决于其个人的思想道德素质和主观意愿，结果造成院长权利又大又小，扩张、采购、基建、投资决策权无限大，用人自主权大，但对于编内员工辞退权小等。决策权利不受约束，政府宏观调控失去效应。
院长如何“负责”，对谁负责，首选对员工负责，把公立医院变成“趋利利”的场所，医院乱受费问题、拿回扣问题以及其他各种形式的腐败问题，结果不受约束的权利必然产生腐败，曝光的云南“双百”（一百套房子、一百个车位）院长颇具代表性，院长能不能对所有者广大民众负责可想而至。
《中共中央关于加强和改进新形势下党的建设若干重大问题的决定》（2009年9月18日中国共产党第十七届中央委员会第四次全体会议通过），明确提出：党的各级委员会按照集体领导、民主集中、个别酝酿、会议决定的原则决定重大事项。新政治、新形势“院长负责制”的提法已经不合时宜，取而代之的是，医院管理委员体制下，集体领导与个人分工负责相结合的制度。与传统的意义上的“院长负责制”具有重大的差别。
明确院长办公会是医院内部决策机构
《指导意见》明确确定：院长办公会议是公立医院行政、业务议事决策机构，对讨论研究事项作出决定。院长办公会要明确会议事规则，确定讨论研究的议题，一般由分管院领导提出，院长办公室收集汇总，提前交院长，与党委书记后确定。由院长或由院长授权的副院长召集，规定会议定期召开时间，一般每1—2周召开一次，需要时可随时召开。明确院长办公会的组成人员为全体院级领导，以及相关部门负责人，党委书记、副书记、纪委书记视需要参加会议。院长办公会须有过半数组成人员出席方可举行。院长办公会讨论重要问题时，必须按照少数服从多数的原则形成会议决定，以赞成人数超过应到会人数的半数以上为通过。如对重要事项意见分歧较大时，应暂缓作出决定，待进一步调查研究、交换意见后再行讨论，必要时提交党委会决定。院长办公室负责会议记录、整理会议纪要等相关会务工作，将会议讨论决定的工作事项，通知相关部门，并协助分管院领导负责会议决议、决定的督办检查，并将落实情况及时向院长报告。
“三重一大”等重大事项党政联系
《指导意见》明确规定：在决策程序上，公立医院发展规划、“三重一大”等重大事项，以及涉及医务人员切身利益的重要问题，要经医院党组织会议研究讨论同意，保证党组织意图在决策中得到充分体现。
“三重一大”事项是指涉及重大决策、重要干部任免、重大项目安排和大额资金使用的事项。凡属“三重一大”问题，按照“集体领导、民主集中、个别酝酿、会议决定”的原则执行。“三重一大”事项应以规定的会议形式集体研究决策，不得以传阅会签或个别征求意见等方式代替会议决定。
“三重一大”要明确事项主要内容需要更具体而且要有表述清晰的文字版。如什么是“重大问题”，哪个级别或哪些岗位的干部是“重要干部”，哪些项目是“重要项目”，多大额度的资金算“大额资金”等，一个都不能含糊，需要文字版，而不能只在领导心中。“三重一大”事项，应坚持一题一议，与会人员要充分讨论，对决策建议应分别表示同意、不同意或缓议的意见，并说明理由。
决策机制和程序要明确，对于“三重一大”事项，怎么提出，标准是什么，怎么申报审批，需要多长时间，程序一定要明确、公开、透明。决策规则要清晰，避免集体讨论决策失误了出了问题，就说是集体研究决定，最终是集体负责最后谁也不负责。在提交集体决策前，应当认真调查研究，经过必要的论证程序，广泛听取并充分吸纳各方面的意见和建议，并形成主导性意见，采取民主集中制，最终做出决策；参与“三重一大”事项决策的个人对集体决策有不同意见，可以保留或向上级反映，但不得擅自改变或拒绝执行。除涉密事项外，“三重一大”决策事项通过召开职工代表大会、文件、简报、医院网站、院务公开栏等形式予以公开。
检查考核与责任追究究制要建立。分管院领导和各科室落实“三重一大”决策执行情况每年向院党委报告。对于“三重一大”事项，制度的执行情况，接受上级领导机关的监察、考核和责任追究，接受群众的监督。对于不认真执行“三重一大”制度，未经集体讨论决定而是由个人决策、事后又保护通报或擅自改变集体决定的党政领导班子成员，以及超越职权擅自处事或未向领导集体提供真实情况而造成错误决定的责任人，将根据事实、性质、情节应承担的责任，依法依纪追究责任。
发挥专家治院的作用
党的十八届四中全会作出的《中共中央关于全面推进依法治国若干重大问题的决定》（以下简称《决定》）明确提出：“健全依法决策机制”“把公众参与、专家论证、风险评估、合法性审查、集体讨论决定确定为重大行政决策法定程序，确保决策制度科学、程序正当、过程公开、责任明确。”
《指导意见》明确提出：充分发挥专家作用，组建医疗质量安全管理、药事管理等专业委员会，对专业性、技术性强的决策事项提供技术咨询和可行性论证。充分发挥专家作用是科学决策的重要体现。充分发挥专家作用，必须充分尊重专家，“选好专家”把专家吸引到医疗质量安全管理、药事管理等专业委员会中来，就是要健全专家遴选机制，真正把专业能力、资质、经验和诚信作为主要遴选标准。对专业性、技术性强的决策事项提供技术咨询和可行性论证，就要为论证提供必要支持，使专家在充分了解政策背景、决策目标等信息的基础上开展论证工作；建立专家论证公开制度，通过公开机制促使其客观、独立、科学、负责地提出论证意见。
资产多元化的医院成立理事会
《指导意见》明确提出：资产多元化、实行托管的医院以及医疗联合体等，可在医院层面成立理事会。
新医改新形势，公立医院政府保确保的，大量的公立医院必然被推向市场，改组改制是未来的主旋律，公私合营的、托管的、医联体多种形式的医院，通过成立医院理事会，规范约定规范医院内部决策机制。
章程约定党组织进入管理层或理事会
新形势对党组织的政治核心作用要求更严, 充分发挥政治核心作用，加强医院党的建设，被提到高度议事日程，赋予医院党委“把方向、管大局、保落实”的重大责任，是加强和改善党的领导的重要内容。充分发挥党组织的作用，一是保证监督党和国家的卫生方针政策在本单位的贯彻落实;二是支持院长依法行使职权,参与行政、业务等重大决策;三是坚持党管干部的原则,在单位干部的选拔任用、培养、管理上起把关作用。四是坚持对工、青、妇工作的领导,支持他们按照各自的章程自主地开展工作,协调好单位内部党、政、工、青、妇的关系。五是组织领导思想政治工作和精神文明建设。
《指导意见》明确提出：把党的领导融入公立医院治理结构，医院党组织领导班子成员应当按章程进入医院管理层或通过法定程序进入理事会，医院管理层或理事会内部理事中的党员成员一般应当进入医院党组织领导班子。
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