功能性胃肠病出现的原因有三点，包括饮食因素、精神因素以及心理因素。
饮食因素：功能性胃肠病的另一个致病因素就是日常饮食因素，在日常生活中如果经常饮食失调，或经常服用泻药或灌肠，亦可构成不良刺激，促进功能性胃肠病的发生与发展。
精神因素：精神因素为功能性胃肠病发生的主要诱因，如情绪紧张、焦虑、生活与工作上的困难、烦恼、意外不幸等，均可干扰高级神经的正常活动，进而引起胃肠道的功能障碍。暗示或自我暗示是重要的发病因素，例如由于某种草率的诊断意见、无关紧要的化验结果或医生的举止和表情不当而造成的所谓医源性疾病，以及患者因亲友患严重疾病如胃肠道癌肿而产生的自我暗示均可引起功能性胃肠病。
心理因素：生活应激事件常常诱发或加重功能性胃肠病，神经质、情绪化等人格特征明显影响患者就诊率和症状程度，躯体化症状更多见于功能性胃肠病患者。
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