鱼类都是靠鳃部过滤水体中的溶氧进行呼吸，而鳃是鱼类的主要呼吸器官，鱼类通过鳃丝上的细微鳃小片进行过滤溶氧来维持生命活动能力。
从呼吸器官的排列来讲，鳃呼吸占据最大比例达到70%，然后是皮肤呼吸占到20%～25%，接下来是咽喉呼吸、肠道呼吸、鳔呼吸各占约3%，最后是假鳃占2%左右，从这些器官呼吸分布所占的比例，我们可分析得出呼吸器官可分为主要呼吸器官（即鳃）和辅助呼吸器官（皮肤、咽喉、肠道等），当主呼吸器官出现问题或受到其他因素影响时才会启用辅助器官。
鱼类的发病原因有多种（如细菌性烂鳃、寄生虫、肝胆病变、水环境极恶劣等）可致使本身的鳃部出现问题，当然也避免不了有些继发性引起的疾病对鳃丝造成的伤害，都会直接影响鱼类的鳃丝过滤及呼吸。
鱼类鳃呼吸和皮肤呼吸无直接关系，当鳃部受到如烂鳃、寄生虫感染、有害藻类过多、水体杂质过多、水体理化因子超标等损害时，都会应影响鱼类呼吸和摄氧量，在鱼类生存所需的溶解氧一定的情况下，鳃呼吸摄入的溶氧达不到生命所需值时，则会同时启用自身的皮肤进行呼吸，来满足鳃呼吸溶氧的不足，以达到生存所需总量。
在养殖过程中，如上述所讲（烂鳃、寄生虫等）因素，都会直接影响鱼类鳃呼吸，影响率达到20%-30%左右，而这中间的差距则首先由皮肤呼吸系统第一进行供给，那么皮肤进行呼吸的频率则加快，将会达到40%-50%而在供给的过程中，由于水体中细菌致病微生物大量存在和对皮肤的侵袭，首先破坏机体的免疫系统——粘液层，在粘液层破坏后机体首先就丧失了对细菌等致病微生物的抵抗作用，继而细菌等附着在受破坏的皮肤表层进行大量繁殖，并消耗附着面的营养，形成病灶，病灶受多重细菌致病生物的感染，再发展成为溃烂、烂皮、烂身等疾病。
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