自然界任何一种生物在其生长繁殖过程中都在“破坏”自身的生存环境：一方面生存资源被消费，另一方面代谢产物在积累。所谓生物链，就是一个物种的生存资源得到前置物种的补充，而代谢物能被后续物种的消耗（清理）。对于生态系统而言，一个物种的代谢废物（或物种本身），就是另一个物种的资源。所谓生态，就是各物种相互配合、各负其责、共同完成自然界能量流动和物质循环的整个过程。
对于池塘而言，对饲料产生的氮污染的净化，既有光合生物链，由藻类的利用光能开始：16NH4 + 92CO2 + 14HCO3 + 92H2O + H2PO4 —>C106H263O110N16P + 106O2，也有腐生生物链，由微生物利用有机物质开始：NH4 + 7.08CH2O + 2.06O2 —> C5H7O2N + 3.07CO2，然后共同进入原生动物—>浮游动物—>鱼虾。
这样，藻类、微生物 —> 原生动物 —> 浮游动物 —> 鱼虾共同构成一个池塘净化系统。这个系统的效能越高，可承载的饲料也就越多，养殖密度也就越高，产量也就越高。
要维持池塘净化系统的高效和稳定，必须维持系统各环节之间的平衡和稳定。即一个生态系统中，某一物种的生物量，受可利用资源数量和代谢废物含量的双重制约。如果一个物种由于某些原因大量繁殖，将导致生态系统失衡，甚至崩溃。
因此，如何对藻类、微生物生物量的控制、原生动物生物量的控制以及浮游动物生物量的控制是池塘生态系统稳定和高效的核心。老祖宗在长期的水产养殖活动中，采用鲢鱼控制藻类、微生物（小型菌胶团）和原生动物；采用鳙鱼控制微生物（大型菌胶团，含原生动物）和浮游动物；采用底栖鱼类（如鲤鱼、鲮鱼、鲫鱼等）控制底栖动物，使这些鱼类和光合作用构成一个稳定且高效的净化系统。
最典型的草鱼养殖模式一草带三鲢。每生产一公斤草鱼，可同时生产三公斤作为净化系统的混养鱼类。其基本原理是，1000克饲料蛋白投入池塘中，约有250克饲料蛋白被草鱼同化，另外750克饲料蛋白被分解代谢为120克氨氮。这120克氨氮通过藻类光合作用吸收重新合成藻类蛋白，经过池塘食物链不断周转，最后积累到混养鱼类（鲢鱼、鳙鱼、鲤鱼或鲮鱼和鲫鱼）产品中。1000克饲料蛋白最终转化为250克草鱼蛋白和750克混养鱼类蛋白。250:750 = 1:3，也就是一草带三鲢。
当然，随着饲料配方技术的进步，草鱼对饲料蛋白的利用率不断提高，这个模式也在发生变化。假设草鱼饲料蛋白转化率从25%提高到33.33%，则每公斤草鱼饲料蛋白中有333.33克被草鱼同化，另外666.66克饲料蛋白通过光合作用和生物链积累到混养鱼类的体蛋白中，则养殖模式应该为333.33:666.66 = 1:2，即一草带二鲢。
多层次混养具有多种功能：
提高碳汇，即将草鱼没有利用的饲料有机碳和由光合作用产生的有机碳尽可能多地转化为混养鱼类肌体，从而提高剩余氧的含量，达到提高饲料承载能力；
提高氮汇，即将草鱼的代谢废物—经藻类光合作用再利用，重新合成饵料蛋白，积累在混养鱼类身上，不仅提高养殖总产量，还降低了废氮对水体的污染；
提高营养素的周转速度。如果藻类不被鲢鱼或原生动物消费，水体中的各种微量元素将被固定在藻类体内，水体中的微量元素将逐渐减少直至完全缺乏。微量元素缺乏将导致藻类老化、种群更替，甚至倒藻。鱼类对细菌、藻类、原生动物和浮游动物的消费具有促进各种微量元素释放作用。
通过多层次混养，将主养鱼类的有害的代谢产物作为其它生物的营养素加以利用，变废为宝。同时通过多层次混养，提高了池塘生态系统的稳定性和效率，从而达到提高产量的目的。
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