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1、蛋鸡饲养一般分为三个阶段：育雏期(0-6周)、育成期(7-20周)和产蛋期(21-72周)，每一阶段都有换料、转群等因素导致腹泻、消化不良等疾病的发生。育雏期由于肠道功能不健全，肠内的菌群不完善，机体抗病力差，适应性低，有利于有害菌的侵入，易发生感染，引发一些肠道疾病，出现我们经常见到的“糊肛”。
2、由育雏期向育成期过渡、育成期转化到产蛋期，这两个阶段都有一个换料期，因各阶段的营养需求不一样、适口性不同，饲料的改变破坏了之前的肠道菌群的平衡，再加上转群、打疫苗的应激，使机体的代谢紊乱，肠道正常的吸收转化能力受到影响，体内环境发生变化，抵抗力下降，给病原菌侵入提供了条件，引起肠道疾病的发生。
3、产蛋期的肠道问题较多，有生理性腹泻、非病原性腹泻与病原性腹泻。生理性腹泻是产蛋鸡都会有的一个时期，产蛋是卵巢、输卵管活动的产物，和机体的营养状况与外界环境条件密切相关。8周龄以后随着内分泌器官活跃，分泌的激素增多，促进卵泡快速发育，在激素的作用下完成产蛋的过程，在这个过程中易发生腹泻。非病原性腹泻是由育成期料转化为产蛋期料的换料应激引起，为了满足产蛋的需要，石粉的用量添加不合理，饲料配比不当(麸皮添加过多即粗纤维含量偏高);天气变化无常，忽冷忽热，温差较大，使鸡群机体处于应激状态，正常的功能受到影响，抗病力降低，导致一些疾病的发生，从而转化为病原性腹泻。
病原性腹泻包括霉菌毒素导致的腹泻、细菌性腹泻、病毒性腹泻及细菌性与病毒性混感或并发感染、寄生虫引发的腹泻。
4、霉菌毒素腹泻主要是由于饲料霉变或腐败，使得霉菌生长繁殖，产生大量毒素破坏器官的正常功能，导致生长受阻，饲料转化率低下，产蛋率下降，使机体细胞免疫功能下降，增加了机体对病原微生物的易感性。
5、细菌性、病毒性及混合感染或并发感染引起的肠道疾病很多，常见的有大肠杆菌、沙门氏菌、葡萄球菌、链球菌等与新城疫、温和型流感、传染性法氏囊炎等混合感染的病例较多。现阶段的养殖环境使得病原微生物混合感染、并发及继发感染越来越多，病原微生物耐药性的出现，又增加了治疗的难度。由此引发的疾病也有增长的趋势，导致肠道环境被破坏，降低了饲料的利用率。
6、寄生虫寄生的部位不同，引起的症状也有一定的差异。常见的寄生虫有球虫，寄生在鸡的肠道上皮上，感染的肠壁给病原微生物提供了一个入侵的窗口;白细胞虫通过血液循环进入各脏器，完成本身的繁殖，引起内脏出血，肠道失血，导致肠炎;毛滴虫病，寄生在上消化道的一种原虫病，口腔内有伪膜，肝脏表面有凹陷的车轮状坏死灶，盲肠内有腊肠样栓塞物，本病因环境条件差易诱发，此病在散养户的养殖中常见;绦虫虫体以机械刺激、阻塞肠腔、代谢产物的毒素作用、夺取宿主大量营养物为基本致病因素，可引起肠炎，虫体聚集成团时导致肠阻塞，致使肠壁产生结核样病变。
7、蛔虫病的发生与饲养条件密切相关，饲料中含动物性蛋白多、营养全面时，可使鸡有较强的抵抗力，动物蛋白不足或饲料配合过于单纯，饲料利用率不高，可增强易感性。蛔虫虫体钻入肠粘膜，破坏粘膜及肠绒毛，造成出血和发炎，并易导致继发细菌感染。其代谢产物对机体也有毒害作用，常使雏鸡发育迟缓，成年鸡产蛋下降。
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