造成光合作用的效率和最大光合速率降低，称为光抑制；严重时还会造成光合机构的光氧化破坏，称为光氧化！
光氧化产生过程是由戊酮糖-1,5-二磷酸羧化/加氧酶催化进行的。上回说到卡尔文循环中将二氧化碳结合到循环系统内产生葡萄糖的关键酶是戊酮糖-1,5-二磷酸羧化/加氧酶，系统在二氧化碳充足时是羧化酶，催化戊酮糖-1,5-二磷酸羧化，并裂解成两个3-磷酸甘油酸；而在二氧化碳不足时却摇身一变成为加氧酶——催化戊酮糖-1,5-二磷酸氧化并裂解成一个3-磷酸甘油酸和一个磷酸乙醛酸，磷酸乙醛酸进一步代谢产生二氧化碳和过氧化氢，过氧化氢对植物细胞膜，尤其是对叶绿素具有很强的毒性作用。
植物包括藻类对光氧化具有多层次和多样化的自我保护机制，其中最常见的，叶黄素循环和抗坏血酸循环。
当藻类处于应对光抑制时，叶黄素循环中的各种色素（紫黄素 + 环氧玉米黄素 + 玉米黄素）增加，这就是池塘水体有些时候在中午看上去有些泛黄而傍晚又恢复绿色的原因。
因此，在强光而又没有流动的静止池塘里，尤其是二氧化碳不足的情况下，大多数其它藻类不仅不能正常光合作用，还要消耗能量去抵抗光氧化，甚至由于光氧化而死亡；但是，蓝藻有很完善的抗光抑制、光氧化的能力，能照样正常生长。这也是光照太强容易暴发蓝藻的一个很重要的原因。
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