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同样，微生物在利用分解有机物所释放的能量，将有机物质矿化，同时也将一部分能量合成自身物质用于生长，使部分能量和物质（能量的载体）再进入生物链。
如果说植物或藻类的光合作用是生态系统光合食物链的开端：16NH4+ 92CO2 + 92H2O + 14HCO3 + H2PO4 → C106H264 O110N16P + 106O2那么，我们也可以认为，微生物的生物合成（生长）是生态系统腐生食物链的开端：NH4+ 7.08CH2O + HCO3 + 2.06O2 → C5H7NO2 + 6.06H2O + 3.07CO2
就水生生态系统而言，光合食物链和腐生食物链都进入基本食物链的物质循环：藻类和微生物→原生动物→浮游动物→小型动物→大型动物→微生物→藻类……，如此往复循环。
在天然水体中，生态系统的物质循环和能量流动是由光合作用从外部输入能量，物质是内部循环。因而驱动生态系统的能量流动和物质循环是以藻类的光合食物链为主；而在池塘养殖中，除了藻类的光合食物链外，饲料的投入是能量与物质同时输入，由于养殖动物对饲料的转化率比较低，还有大部分养殖动物未消化吸收和转化的物质不仅需要通过微生物进行矿化还原（即净化），同时微生物本身也作为有机营养物进入腐生食物链。因此，微生物可以说是池塘养殖，尤其是高产（高饲料投入）池塘的基础生态系统的基础。这也是“低产养藻，高产养菌”的道理所在。
因此，了解微生物生态，尤其是了解细菌及细菌之间的相互关系，以及腐生食物链的结构和组成，是将来池塘养殖高产、可控、生态的基础。
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