初级生产力与次级生产力之间需要相互匹配，生态系统才能处于相对稳定的状态。因此，实行蓝藻水华生态控制的方案中，次级生产力必须与初级生产力同时提高。
即池塘从一开始就必须配套与初级生产力相适应的滤食性鱼类（鲢和鳙）的生物量，不是简单数量上的增加，而是规格上的配套，以维持持续、高效光合作用、快速的藻类生长繁殖与消费之间的平衡。
传统上描述“好水”的所谓“肥、活、嫩、爽”中的“嫩”，即未老，也就是说，藻类的周转率越高，也就越嫩。要维持池塘藻类生态系统稳定，前提是数量上要保持相对稳定，即每天藻类的消费量要大致等于藻类的生产量；其次是所有的藻类寿命周期不能太长。
国外利用藻类和鲢鱼和罗非鱼作为肉食性鱼类养殖水体净化系统时，认为藻类的平均寿命为三天左右最好。如何根据这两个原则去设计次级生产力生物量，还有待于探讨。
同样的道理，高效的初级生产力必然导致次级生产力，即滤食性鱼类生物量的快速增加（生长速度快）。但是，尽管初级生产力效率提高，但并不能不断增加绝对量，因此，对于快速增长的次级生产力必须给予适当控制，以维持生态平衡。具体操作方法就是轮捕轮放，捕大留小，补充数量。
由于初级生产力与次级生产力之间的平衡是相对的，即初级生产力由太阳辐射强度和水体总碱度所决定，随时间的变化比较小，而次级生产力的生物量则随着时间在不断持续增加（滤食性鱼类不断长大）。因此，当次级生产力大于初级生产力时，可以采取捕捞加以控制，但如果次级生产力还不能跟上初级生产力时，就必须采取强制消费的手段加以处理。
强制消费最好的办法就是前面介绍过的物理方法——电光杀藻，强制循环。就如草坪上的草一样，当牛羊的生物量不足以消费掉生长出来的草时，必须部分采取人工收割，以免老化。
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