弄懂了蓝藻的生物学特点，我们就可以根据这些特点，来削弱蓝藻的生存生长优势。
提高碱度
蓝藻的最大优势是碳酸酐酶。由于在池塘养殖水体的pH范围内，溶解的无机碳主要是碳酸氢根。当水体的总碱度低时，水体中可供应的二氧化碳非常有限，这才赋予蓝藻的生存生长优势。
一般来说，蓝藻水华多见于“富营养化”水体，但我们也经常发现一些池塘，尽管水体看上去很清瘦，水中藻类密度也低，但主要是蓝藻，往往还能看到表面一层很薄很薄的蓝藻水华——老化的蓝藻。这种水体是前面提到过的D区的水体——低碱度、低硬度的水体。
有人会问既然蓝藻可以在低碱度的水体中以很高的速度进行光合作用，为什么这种很难“肥”起来？这是因为虽然蓝藻可以快速光合作用，但水体中的DIC很少，只要一出太阳，水体由于碱度低，所储存的少量DIC很快被用完，光合作用的总量很少，所以，这种类型的水很难“肥水”。
根据藻类k0.5（DIC）（藻类的二氧化碳亲和力）的图示，我们不难看出，当总碱度从10毫克碳酸钙/升提高到100毫克碳酸钙/升时，二氧化碳亲和力很高的藻类（蓝藻）光合作用速度只提高了一点点，而亲和力低的藻类的光合作用速度则得到大幅度提高。
也就是说，提高总碱度，蓝藻拥有碳酸酐酶从而对二氧化碳具有极高亲和力的优势就没有作用了。
水体二氧化碳供应充裕，有利于提高藻类种群的多样性。具体方法就是使用生石灰、碳酸钙镁（D区）或碳酸钠、碳酸氢钠（B区）。
当然，提高总碱度可以提高各种藻类的光合作用速度，意味着这种水体很容易培藻。这又可能出现新的问题：大量藻类的快速光合作用，导致局部出现包括二氧化碳在内的营养素缺乏。
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