按照微生物与氧的关系，可将其大致分为好氧微生物（好氧菌）和厌氧微生物（厌氧菌）两大类，进一步又可细分为五类：
专性好氧菌
这类微生物必须在较高浓度分子氧的条件下才能生长，绝大多数真菌和多数细菌、放线菌都是专性好氧菌。
例如
芽孢杆菌、硝化细菌等。
兼性厌氧菌
这类微生物以在有氧条件下生长为主，也可兼在厌氧条件下生长，有时也称“兼性好氧菌”，许多酵母菌都是兼性厌氧菌。
微好氧菌
这类微生物只能在较低氧分压条件下才能正常生长，如弧菌等。
耐氧菌
耐氧性厌氧菌的简称，这类微生物可在分子氧存在条件下进行发酵性厌氧生活。它们的生长不需要任何氧，但分子氧对它们也无害，通常乳酸菌属多为耐氧菌。
厌氧菌
有一般厌氧菌与严格厌氧菌（专性厌氧菌）之分，专性厌氧菌在无氧条件下比在有氧环境中生长好，这类微生物即使短期内接触分子氧也会抑制其活性甚至致死，其生命活动所需能量通过发酵和无氧呼吸等方式提供；
常见的厌氧菌有双歧杆菌属和光合细菌等。
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