医疗保险作为主要付费方和需方代理人通过与供方谈判形成价格的机制，主要表现形式就是医保对供方的付费方式。传统上，实行的是按服务项目定价的后付制。其优点是简单明了、容易操作，但是供方和患者都没有控费动力，医保作为第三方付费，远离医疗服务的提供过程，难以控制医疗费用。
为解决这一难题，一般的医疗保险都会设计患者自付比例，通过增加患者支付负担，抑制不必要的医疗支出。但是，患者自付比例难以确定：过高则增加了患者负担，失去了医保的本来含义；过低则无法形成有效激励。此外，为了控制不合理支出，医保还需要成立各种庞大的医疗费用报销监督和监管机构。
传统的按服务项目付费的模式，对供方行为也产生影响：因为供方收入依赖于提供的诊疗服务，因此治疗的疾病越多，则供方收入越高。这反映到现实中，却产生过度治疗、滥用药物等弊端。为解决这些问题，医保付费模式的改革趋势，是从后付制转向预付制。
根据预付规则的不同，预付制可以分为总额预付、按人头付费、按病种付费等方式。其本质是将控费责任转移到供方，理论依据是供方在医疗服务提供中握有信息优势，信息优势方应承担控费风险，同时获得剩余索取权。
然而，预付制也存在一个弊端：为控制成本，供方有减少必要的治疗服务及药物使用的倾向，乃至发生“推诿重症患者”的现象。
因此，实行预付制的前提条件是患者有选择权，通过“用脚投票”减少供方的机会主义行为；而患者能够“用脚投票”的前提条件又是供方形成竞争格局。在供方垄断的条件下，患者无从选择，对供方的机会主义行为就失去了制约。
各地实践中，总额预付、按病种付费、按人头付费等形式都有，但基本上都搞成了既有价格体系下的限费制：总额限费、按病种限费、按人头限费等。预付制的实质是医疗服务价格形成机制的改革，是形成新的供需双方议价的定价机制。但限额制下，仍然依据原有的定价模式，医疗机构的行为扭曲难以得到根本改变。
之所以出现上述问题，有三个主要的制度性原因：一是行政主导定价的机制导致不管如何改革付费机制，都只能执行政府定价；二是供方事实上的垄断地位，导致需方难以通过“用脚投票”来约束供方的机会主义行为。三是供方的公立主导特征，使得医药价格调整和付费方式改革均和医务人员收入获得完全割裂。
在公立主导体制下，医务人员收入分配只能实施论资排辈的平均主义大锅饭体制，无法随着医药价格和医保付费方式的变化而变化，从而使得通过调整医药价格和付费方式引导医生行为的机制完全失效。
事实上，公立主导是上述问题最为根本的制度原因，是坚持行政定价和供方行政垄断的制度基础。公立主导不仅体现在对主要的、核心的医疗资源的控制上，还体现在对市场准入的行政性管制上。在这种情况下，医保付费模式的改革无从取得实质性进展，医保在价格形成机制中的被动地位难以改变。
