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感染
由于蛋白质营养不良，蛋白丢失所致血清IgG及补体因子减少，白细胞功能下降，加之应用糖皮质激素治疗，呼吸道、泌尿系、皮肤及腹腔感染常并发于肾病综合征患儿，体腔及皮下积液为感染提供了有利条件。虽然近年强力抗生素的应用，使因感染致死的危险性大大降低，但仍可影响肾病综合征疗效或导致肾病综合征复发。
血栓栓塞
由于肾病综合征患儿大量蛋白的漏出，肝内合成增强，纤维蛋白原及V、Ⅶ、Ⅷ、X因子增加，抗凝血酶Ⅲ水平降低，蛋白C及蛋白S活性下降，高脂血症致血液粘稠度增加，不合理的利尿，长期使用大量糖皮质激素，患儿因此存在高凝状态。卧床增加了肢体发生血栓的可能。目前，血栓、栓塞已成为肾病综合征患儿严重的致死性并发症之一。最常见的为肾静脉血栓，另外，肢体静脉血栓、下腔静脉血栓、肺动脉血栓或栓塞也不少见，甚至可见脑血管血栓及冠状血管血栓。
高脂血症可随蛋白尿消退、血浆白蛋白回升而恢复正常。虽然存在低密度脂蛋白、胆固醇水平增高，但高密度脂蛋白有时亦可升高，有的学者认为能增加心血管并发症的发生率，但也有学者认为危险因素与保护因素同时存在，其对机体的影响尚难确定。但高脂血症可增加血液粘稠度，导致血栓、栓塞的发生，促进肾小球系膜细胞增生及肾小球硬化，因此，积极的饮食控制及药物防治仍有重要意义。
由于长期的低蛋白血症，可引起营养不良，肌肉萎缩，儿童发育迟缓，维生素D缺乏，继发性钙磷代谢紊乱，继发性甲状旁腺功能亢进；药物结合蛋白的减少可加重药物毒性，促使药物代谢增快，减低药物疗效。
肾功能损伤
低蛋白血症、低血浆胶体渗透压而致水分外渗，部分患儿可因血容量下降、肾脏有效循环血容量减少而出现肾前性氮质血症，经积极扩容补液治疗后可缓解。
临床上也可见到由于肾小管大量重吸收尿蛋白引起肾小管功能的损伤，可见到肾性糖尿和(或)氨基酸尿，严重者呈部分的范可尼综合征表现。
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