4月24日，国家卫计委官网挂出由7个部门发出的《关于全面推开公立医院综合改革工作的通知》，对相关工作进行了部署。通知要求，7月31日前，所有地市出台城市公立医院综合改革实施方案；9月30日前，全面推开公立医院综合改革，所有公立医院全部取消药品加成（中药饮片除外）。其中，重点任务有7个方面：
贯彻落实《国务院办公厅关于全面推开县级公立医院综合改革的实施意见》（国办发〔2015〕33号）和《国务院办公厅关于城市公立医院综合改革试点的指导意见》（国办发〔2015〕38号），逐条逐项落实改革任务，深化医疗、医保、医药联动改革，增强改革的系统性、整体性和协同性。
贯彻落实《中共中央办公厅 国务院办公厅转发〈国务院深化医药卫生体制改革领导小组关于进一步推广深化医药卫生体制改革经验的若干意见〉的通知》（厅字〔2016〕36号），学习先进经验，结合地方实际大胆探索创新，推动公立医院综合改革向纵深发展。
贯彻落实《关于控制公立医院医疗费用不合理增长的若干意见》（国卫体改发〔2015〕89号），2017年全国公立医院医疗费用平均增长幅度控制在10%以下。各省（区、市）及兵团要设定2017年度医疗费用增长控制目标，结合实际分解到各地市、县（市、师）和公立医院，并于5月15日前报国家卫生计生委、国家中医药局备案。国家将对各省（区、市）及兵团公立医院医疗费用增长情况进行排名和通报。
7月31日前，所有地市出台城市公立医院综合改革实施方案；9月30日前，全面推开公立医院综合改革，所有公立医院全部取消药品加成（中药饮片除外）。国家卫生计生委、国家中医药局属（管）医院全部参加属地公立医院综合改革。2017年启动改革的城市，地市级医改领导小组要全面贯彻落实国家和省级党委、政府关于公立医院综合改革的政策要求，在深入调研、精心测算、充分协商、科学论证的基础上，以目标和问题双导向，制订任务明确、路线清晰、措施有力、分工具体的实施方案，确保公立医院综合改革平稳有序推进。省级医改领导小组要严格审核把关，确保改革举措指向明确、实用管用、解决问题。实施方案印发后，于7月31日前报国家卫生计生委备案。
巩固取消药品加成成果，进一步健全公立医院维护公益性、调动积极性、保障可持续的运行新机制和科学合理的补偿机制。
到2017年底，前4批试点城市公立医院
药占比（不含中药饮片）总体下降到30%左右；
百元医疗收入（不含药品收入）中消耗的卫生材料降到20元以下；
实行按病种收付费的病种不少于100个；
预约转诊占公立医院门诊就诊量的比例要提高到20%以上；
区域内所有二级及以上公立医院和80%以上的基层医疗卫生机构与区域人口健康信息平台对接；
60%的基层医疗卫生机构与上级医院建立远程医疗信息系统。
进一步总结提炼推广公立医院综合改革示范县（市）经验，积极推进县域医疗服务共同体建设。到2017年底，全面实行以按病种付费为主，按人头付费、按床日付费等复合型付费方式，探索符合中医药特点的支付方式，鼓励中医药服务提供和使用；县级公立医院门诊、住院患者人均费用和总收入增幅下降，医疗服务收入（不含药品、耗材、检查、化验收入）占业务收入比重提升，自付医疗费用占总医疗费用比例下降。
各省（区）分别确定1个城市作为省级公立医院综合改革示范城市；各直辖市分别确定1个区（县）开展省级示范工作。除安徽、福建、江苏、青海4省外，各省（区）及兵团分别推荐1个县（市、师）作为第二批国家级示范候选县（市、师）。省级示范城市、国家级示范候选县（市、师）和直辖市示范县（区）名单经省级医改领导小组同意后，于5月15日前报国务院医改办。国务院医改办将会同有关部门遴选确定若干国家级示范城市和第二批国家级示范县（市、师），发挥典型引路作用，树立改革样板，扩大公立医院综合改革成效。各地要创造条件支持示范地区加大改革力度，在重点领域和关键环节突破创新、先行先试，以点带面把公立医院综合改革引向深入。
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