南瓜子具有很好的杀灭血吸虫幼虫的作用，对于已经成熟的成虫，也能使其变性和虫数减少，对于血吸虫病也有一定的治疗作用。南瓜子可以很好的杀灭人体内寄生虫的作用。对血吸虫也具有很好的杀灭作用，是血吸虫症的首选食疗之品。

南瓜子也是有效的驱绦虫剂，且没有毒性和任何副作用，适宜老人、儿童绦虫病和腹痛胀满等症，对蛲虫病、绦虫病、钩虫病等患者均有明显的效果。

研究发现，每天吃上50克左右的南瓜子，可有效地防治前列腺疾病，南瓜子富含锌，对预防和改善男子前列腺疾症具有很好的药用功效。研究发现“前列腺”病变主要是由于前列腺内含锌量减少之故。经常吃南瓜子，就可以预防和改善前列腺症。

南瓜子含有丰富的泛酸，这种物质可以缓解静止性心绞痛，并有降压的作用。对那些高血脂症、高胆固醇症和防止血栓形成以及抗机体氧化均有预防作用。

南瓜子中含有大量磷质，如果人们常吃南瓜子，吸收其磷质，就可防止矿物质在人的尿道系统凝结，使之随尿排出体外，达到预防肾结石的目的，还可促进已有结石的排出。

此外，生嗑南瓜子可以治疗早泄、尿频；南瓜子富含维生素B1、维生素E，可安定情绪，炒食南瓜子可防止细胞衰老，预防成人疾病，治疗失眠，增强记忆力；南瓜子煎汤可以治疗久病气虚、脾胃虚弱、气短倦怠、便溏、糖尿。