李家三代以医为业。其祖父是一名铃医，籍籍无名。其父李言闻医德、医术俱有可观，任太医院吏目，即我们说的“御医”。李时珍十四岁中秀才，之后三次乡试不第，乃绝意功名，刻意从父学医。
嘉靖中，蕲州先旱后涝，灾后瘟疫流行。李时珍父子设诊所于城东玄妙观施药活人，病人“千里就药于门”，皆“立活不取值”，在湖广一带传诵一时。三年间李时珍医术日精，渐成一方名医，名重一时。
约于1548年，李时珍由于治愈楚王朱厚焜世子的怪疾，被聘为王府奉祠正；三年后被推荐入太医院。他利用在太医院的机会，研读了大量的皇家珍藏的医药典籍和图书，积累了丰富的知识。由于京城求仙炼丹之风盛极，太医院又行事官僚，李时珍在此只任职了一年，便辞官回乡。
李时珍生平著述多达十余种，但流传于世的只有《本草纲目》、《濒湖脉学》和《奇经八脉考》三种。这三部书奠定了李时珍在中国医学史上的崇高地位。《濒湖脉学》被历代医学奉为脉学的指南，至今仍为中医脉学必修之本。《奇经八脉考》确立了八脉辩证的基本雏形，为中医的经络学说和临床医学打下了基础。
李时珍在长期临床实践中，深感古本的本草著作多存错讹，如人参、党参混为一品；异地产枸杞误为异品等等。于是李时珍立志重著本草，以益后代；并借用朱熹的《通鉴纲目》之名，定书名为《本草纲目》。1552年（嘉靖三十一年），李时珍息诊编书，至1578年（明万历六年）三易其稿始成，前后历时27年。其间，李时珍足迹遍及湖广、江西、直隶诸多名山大川，收集药物标本和处方，并拜渔、樵、农、工为师，参考历代书籍925种，“考古证今、穷究物理”，录札记上千万言，弄清诸多疑难。
《本草纲目》凡16部、52卷，约190万字。全书收药1892种，增收药物374种；辑录单方11096则；附药物形态图1100余幅。该书系统总结了我国16世纪以的医、药学之经验，明代文坛盟主王世贞为其作序，称之为“实性理之精微，格物之通典，帝王之秘箓，臣民之重宝也”，《四库全书总目提要》称之为《神农本草经》而下“集本草者无过于此”。《本草纲目》于1596年首次在南京出版，四百多年来，辗转翻刻历代不衰。影响遍及亚洲、欧洲和美洲，成为许多国家的专家学者研究引用的宝贵资料。
1593年（万历二十一年），李时珍逝世，终年76岁。他去世后，即被明朝廷敕封为“文林郎”。《明史》、《白茅堂集》都为他立传，清光绪年间在李时珍墓立碑纪念。1951年，在维也纳举行的世界和平理事会上，被列为古代世界名人；他的大理石雕象屹立在莫斯科大学的长廊上。今天在湖北省蕲春县蕲州镇李时珍墓所在地竹林湖村建有李时珍纪念馆。郭沫若为陵园两次题词，称他为“医中之圣，集中国药学之大成，本草纲目乃1892种药物说明，广罗博采，曾费三十年之殚精。造福生民，使多少人延年活命！伟哉夫子，将随民族生命永生。”
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