通常，蛋鸡的秋季腹泻不同于夏季的水样腹泻，比较来说，秋季腹泻粪便的过料少，杂色粪多；原因也比夏季的复杂，防治也更容易失误。
据了解，在经历了夏季热应激以后，蛋鸡的秋季腹泻在开放式，半开放式，封闭式鸡舍都发生，而且，许多时候，用药物治疗不理想。为什么呢？一个是因为自然环境的气温在发生变化，平均积温降低，昼夜温差，湿度在减小；又一个是病原微生物菌在随着环境变化而改变繁殖数量和致病力；还有一个是鸡群机体的生理代谢水准和规律由于外界的改变而处在适应调整中。
除了上述这三个广义上的解释外，关于秋季腹泻的原因有轮状病毒说，有腺病毒说，有温度不均说，有饲粮质量说。有霍乱说，有肠毒说，也有脾胃不和说。
怎样理解和区分原因呢？
有几种原因须考虑：
一、夏季腹泻的延续或继发
在夏季，产蛋鸡的腹泻最常见的原因是饮水过多，这在开放和半开放鸡舍及简易鸡舍条件下，主要是由于炎热，鸡群为了抗御热应激而大量饮水再通过水泻以图机体散热，这种水泻属于肠道功能一时的紊乱；还有一种是标准化鸡舍的夏季水帘与风机开闭不协调，造成风冷效应过量，属于肠道的热伤风（所谓恒温是不可靠的）。这类的腹泻通常不算重症病且呈明显的季节性，只要不形成顽固性肠炎，是可以调治或随着气温的逐渐降低而自愈的。
但是，这类腹泻造成肠粘膜的严重脱落会持续一段时间，随着昼夜温差加大，风机、水帘开启减少，外界补入的空气湿度温度的变化，鸡群机体的应激再次起伏，消化道的适应力再度失调，本已薄弱的肠道一时难以恢复常态功能。于是，腹泻延长或再度加剧。这类腹泻所导致的肠道的持续紊乱，会使得肠道自身合成某些维生素如VC、VD、VB的功能减弱或停止；这样自身合成不足，外来的补充吸收又不充分，本以稀缺的某些维生素成份更加缺乏，进而使机体抗应激、抗病力更趋下降，随之而来的就是与病毒细菌霉菌寄生虫有关的感染增多，呈明显的病理腹泻。
二、 用药不对路
本来是菌群失调的，却大剂量用抗菌素或止泻药；或反之，确实是患病了却存侥幸心理，以为天气转凉后就会好转，以致延误病情。有的养殖户听信以人用鞣酸蛋白或饲料中掺少量高粱来止泻，而不问腹泻的主要原因致使病毒病加重或转化为顽固性腹泻就是例证。
三、鸡舍管理凭老经验
养鸡人容易犯经验主义的错误，以前成功的做法就会被当成一成不变的金科玉律。事实上，养殖业的情况是在不断变化的，无论开放式、半开放式、密闭式鸡舍都不会是世外桃源。按照鸡的生理特点，是怕热不怕冷耐低温不耐高温，进入秋季以后，会呈现自然换羽过程，羽毛渐丰，所以蛋鸡舍秋季温度的管理大多以自然温为过渡，保温的要求不大，通风仍是主要的。可问题是，这时的环境温度是昼夜温差逐渐加大，晴热干燥和阴雨连绵时的阴湿交替出现，特别是秋分以后，入夜寒露加重，而深秋季节又是疫病逐渐高发的季节，蛋鸡舍的温度管理就不容易掌握了。
入秋以后，外部环境转凉，可中午前后一段仍会比较热，这时鸡舍里尤其是中间部分会有积热在舍内，停用了风机，会使得这积热难以散开，而傍晚至入夜后的风寒，又使得鸡群机体要大幅调整来适应；再有就是，一段时间燥热以后，阴雨连绵又导致潮湿，此时段的潮湿不同于夏季的高温高湿，这是低温高湿，最易诱发一些与此有关的鸡病发生。
如，鸡毒霉形体可长期存留于鸡的体内而不发病，当气温、通风有大的变化时，特别是低温高湿环境中通风不良，这种致病源就会大量繁殖引起发病。又如禽霍乱，其致病源也是在环境中大量存在的，病愈后的康复鸡和无病史鸡均是带菌群体，遇到气温聚变、阴雨连绵、鸡舍低温潮湿都会诱发本病。在深秋季节最易发生。而且此病又是开产后更易高发。
在这样的外部大环境中的局部管理，每年情况都不一样，由于忽冷忽热，忽干忽湿，鸡群不易适应，往往是与温度湿度有关的疾病年复一年的频发，也可以说是呼吸道病与肠道病交替不断，人们总是感到对这一时段的鸡舍温度把控不好，防不胜防。
四、 脾胃不和
这是重中之重。许多不明原因的秋季腹泻是机体消化道受损或失衡所致，而这种受损或失衡并不是由病原微生物致病的，这也是秋季腹泻往往用药很多却难以治愈的重要原因。
按照中医理论，这种腹泻是机体脏器中的脾和胃的配合出了问题。脾胃不和是指本来搭配协调的二者出现了对食物运化的异常，一般正常规律是脾升胃降，脾把食物消化后的精华向上传递，胃向下传递消化后的食物残渣。
中医讲：“由于脾胃受纳、运化功能失常，升降失调，脾气不升反而下陷，则见泄泻。” 又据《明医指掌》：“脾不和，则食不化;胃不和，则不思食。脾胃不和则不思而且不化。或吐，或泻：…”
高温高湿环境会抑制胃脾的功能，还会造成脾胃外感寒邪或为热邪所侵，这样，夏季过后，受过侵害的脾胃没能恢复过来，从中医理论讲，管运化的脾和管收藏的胃运作步调不一致了，就出现不和了。脾胃之所以出现这种不和，还与经夏以后的鸡群体质下降密切相关；也与入秋以后外界（包括密闭式鸡舍）环境的气温、湿度、温差的变化密切相关，以下降的体质来适应变化的环境，机体各个脏器（尤其脾胃）一时不能不走样的照常协作运化了，腹泻就在所难免。
外界变化是客观的外在的，而机体脏器对外界的适应是统一的内在的，这里机体的运行平衡是最主要的，机体健康，就能抗住外界变化的侵袭，机体羸弱，再好的环境也不保万无一失。
在针对秋季腹泻的防治中，有两点要注重，一是可以应用微生态制剂及时充足的调理肠道，促进有益菌在肠道优势定植，确保肠道酸碱平衡和肠粘膜的完整性；二是应用中草药来调理脾胃，使得脾和胃都强健并且能协调运化；同时再补充蛋白、能量、多种维生素和矿物质，是能够纠正腹泻的。尤其是，要靠中草药来调理脾胃的不和，以脾胃经过调理的的相对平衡来保障消化道的正常健康，抑制或减缓秋季腹泻的发生。常用于调理脾胃的中草药有健脾五味散、玉屏风口服液等，主要原药有白术、当归、茯苓、甘草、、黄芪、山药、党参、薏米、防风、干姜等。
鸡舍的管理要因地制宜因时制宜。密闭式鸡舍要在保证通风良好的状态下，使鸡群逐步适应外界补入的日渐降低的空气，还要鸡群不受冷风直吹；为防积热，开放式、半开放式鸡舍的两端或两侧墙应在屋檐下位置安装小型排风扇，在必要时开启排污排湿。有的半开放式鸡舍是以拉扇玻璃窗或百叶窗来采光通风的，这比较好操作，只是要及时关注调整开启角度，屋外窗上沿最好设置雨搭，可以起阻挡大股贼风灌入的作用。不要总以为天气越来越凉就要不断捂严鸡舍以保温，要明了，鸡群是在由高温高湿的夏季向逐渐低温高湿——低温低湿的环境过渡，“春捂秋冻”的道理同样适用于鸡群。，
总之，蛋鸡的秋季腹泻不是单一的肠道炎症，要综合各种因素，确认主要的，兼顾次要的，要立足于夏季就开始预防，早用中草药调理。还要靠人的责任心和对新情况的及时应对来防治。
