二氧化碳（CO2）对鱼类和水环境有较大影响。它是水生植物光合作用的原料，缺少会限制植物生长、繁殖；高浓度二氧化碳对鱼类有麻痹和毒害作用，如使鱼体血液pH值降低，减弱了对氧的亲活力。当游离二氧化碳达到80毫克/升时，“四大家鱼”幼鱼表现呼吸困难；超过100毫克/升时，发生昏迷或侧卧现象；超过200毫克/升时，引起死亡。
在一般池塘中这种现象少见，但北方冬季鱼类越冬期长，往往鱼太多，二氧化碳积累可达到相当浓度而使鱼无法生存。
二氧化碳来源于水生动植物、微生物的呼吸作用和有机质分解。大气中游离二氧化碳含量少，溶入水中也不多；二氧化碳的消耗主要是水生植物的光合作用的吸收利用。
水中二氧化碳除游离状态外，大多以碳酸氢盐（HCO3-）和碳酸盐（CO3-2）形式存在，对水质pH值起缓冲作用，维持其平衡。
水中二氧化碳含量随着水生生物的活动和有机质分解而变动，表现有昼夜、垂直、水平和季节性变化，其变化情况一般与溶解氧的变化相反。
当二氧化碳太多时，应减少浮游动物、底栖动物，包括轮捕鱼类和限制施有机肥；当二氧化碳不足时，应适当施肥，特别是施有机肥和清除水生植物等。
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