刘云军作为一名具有高级技术职称的复合型管理人员，在2016年7月接到精准帮扶玉树州人民医院的任务时，积极响应组织号召，接受援青医疗队队长、玉树州卫计委副主任兼玉树州人民医院院长为期3年的对口援助任务。玉树平均海拔4200米，气压低，头痛、头晕、乏力明显，稍微用力，即会出现胸闷、气喘。但刘云军带领来自复兴医院、宣武中医医院、第二医院和区妇幼保健院的15名医务人员克服身体不适，迅速投入到玉树州人民医院的建设中。他们首先打破医院“平均主义”的分配模式，全面推行绩效考核分配机制，三个月后，医院扭亏为盈。在接下来的两年多时间里，医疗队员们引领医院先后成立感染性疾病科、骨关节诊疗中心、包虫病诊疗基地、危重儿童和新生儿救治中心、眼科中心、宫颈疾病诊疗中心等11个新学科，开设了5个新病区，开展了78项新技术、新业务，极大满足了玉树百姓的健康需求，使身患疾病的玉树百姓不出玉树就能得到有效治疗。地震后医院接受捐赠的大量闲置医疗设备也得到充分利用，医院采取“手拉手”、“结对子”、“本院骨干压担子”等培养模式，外派57名医务骨干进修学习，成为医院发展的中坚力量。2017年，玉树州人民医院住院病人增长67.92%，手术人数增长66.17%，0—1岁的住院婴幼儿死亡率由原来的13.6%下降到3.47%。2018年，玉树州人民医院开拓性晋升为玉树州第一家三级综合医院。同时，刘云军还带领医疗队员们为多名藏族儿童、孤寡老人、寺院僧人等义诊、捐款、捐物，获得当地藏民一致赞誉。
在刘云军院长的带领下，玉树州人民医院先后荣获“全国卫生计生先进集体”、“全国巾帼文明岗”等荣誉称号，医院副院长江西也获得首届“白求恩式好医生”称号。刘云军本人在援青期间，也荣获了首都劳动奖章、北京市第一届“人道奖”先进个人、民族团结先进个人、第三届“玉树好人”、“感动西城年度人物”团队奖等多个荣誉。
刘云军院长曾表示，作为一名援青干部，响应党的号召、践行红墙意识，在自己的工作岗位上尽职尽责，为藏族地区的医疗事业发展贡献自己的力量义不容辞。他是这么说的，也是这么做的。以刘云军院长为代表的援青医疗队的先进事迹也激励着西城区卫生计生系统的广大医务工作者，不忘初心，牢记使命，立足本职工作，为扎实推进“健康西城”建设努力拼搏奋斗。
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