江苏南通X集团有限公司在新疆维吾尔自治区高级人民法院提起对新疆X房地产开发有限公司诉讼称：2000年7月31日，双方签订了《建设工程施工合同》。对工程的开、竣工时间、施工范围、工程款的给付及违约责任等都作了明确约定。合同签订后，江苏南通X公司依约施工，新疆X房地产公司却违约不按时支付工程款，双方又多次协商签订补充协议，变更付款方式，但新疆X房地产公司仍不履行付款义务，导致工程多次停工，合同不能继续履行。请求给付工程欠款并赔偿损失。
新疆X房地产公司答辩称其中一笔244万元款项已经支付，有江苏南通X公司出具的发票为证；而江苏南通X公司认为2001年6月12日支付工程款244万元与事实不符，该244万元是新疆X房地产公司与江苏南通X公司协商准备付款，并要求江苏南通X公司先出具发票，江苏南通X公司于2001年6月14日开具了发票并交付给新疆X房地产公司，但新疆X房地产公司未付款也未退还发票。
一审新疆高院认为：发票只是完税凭证，不是付款凭证，不能证实付款的事实，也不能证实收取款项的事实，付款方付款后应当索取并持有收据，以证明收款方已收取该款项，新疆X房地产公司辩称现金支付244万元，又无收款收据证实江苏南通X公司已收取该款的事实，新疆X房地产公司也未提供其他财务凭证或收据等证据印证已付款的事实。故新疆X房地产公司仅依据发票主张已付工程款244万元的理由不能成立，不予支持。
最高人民法院在二审查明的事实与一审法院查明的事实相同的情况下，对上述事项的观点是：双方争议的244万元应当认定为新疆X房地产公司已经支付江苏南通X公司。新疆X房地产公司持有江苏南通X公司为其开具的收款发票。发票应为合法的收款收据，是经济活动中收付款项的凭证。双方当事人对244万元发票的真实性没有提出异议，新疆X房地产公司持有发票，在诉讼中处于优势证据地位，江苏南通X公司没有举出有效证据证明付款事实不存在。一审法院认为发票只是完税凭证，而不是付款凭证，不能证明付款事实的存在，曲解了发票的证明功能，应予纠正。
在这个案件中，最高院和新疆高院在查明事实阶段完全相同，但对支付款项是否存在做出了截然相反的认定：新疆高院认为新疆X房地产公司主张已支付款项，但没有相关转账或现金支付的证据证明，因此不予认定；而最高院认为新疆X房地产公司持有发票，而江苏南通X公司没有举出相应反证证明对方未支付，因此认定已支付。这里就必须讲到发票的功能，《发票管理办法》第四条规定：“发票，是指在购销商品，提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款凭证。”看看，发票不是纳税凭证，而是收付款凭证！
如果如此，现实中企业可能就会陷入一个两难的境地：先给票，如果对方事后不付款，存在法律风险；不给票，对方又坚决不付款。怎么办？
法条支持
《最高人民法院关于审理买卖合同纠纷案件适用法律问题的解释》【法释（2012）8号】第八条规定如下：
“出卖人仅以增值税专用发票及税款抵扣资料证明其已履行交付标的物义务，买受人不认可的，出卖人应当提供其他证据证明交付标的物的事实。合同约定或者当事人之间习惯以普通发票作为付款凭证，买受人以普通发票证明已经履行付款义务的，人民法院应予支持，但有相反证据足以推翻的除外。”
人民法院出版社出版的《最高人民法院关于买卖合同司法解释理解与适用》对买卖合同司法解释第八条进行了详细的释义，总结如下：
第一，增值税专用发票与普通发票在买卖合同中的地位是被区别对待的。这是由于增值税专用发票是记载商品销售额和增值税税额的财务收支凭证，是购货方纳税义务和进项税额的合法凭证，对于增值税的计算起着重要的作用而决定的。其本身只是交易双方的结算凭证，能够证明双方存在债权债务的可能性，并不能证明双方存在债权债务的必然性。而普通发票在市场交易中的功能之一是收付款凭证，因此对收付款行为具有一定的证明效力。
第二，关于增值税专用发票的证明作用。增值税专用发票仅是付款的记账凭证，是买受人付款的依据，但不是付款的凭证。增值税专用发票开具只表明买卖双方商品成交，而不能证明买受人已经付清所有货款。仅凭增值税专用发票不能证明标的物已经交付，也不能证明货款已经支付。
第三，关于普通发票的证明作用。对于普通发票来说，买受人以普通发票证明已经履行付款义务的存在一个前提，即“合同约定或者当事人之间习惯以普通发票作为付款凭证”。另外，《解释》也从反方面进行了规定，即“有相反证据足以推翻的除外”。
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