“两票制”具体是指从制药企业到药品流通企业开具一次发票，从流通企业到终端再开具一次发票。
2016年4月26日，国务院办公厅印发《深化医药卫生体制改革2016年重点工作任务》。
在“健全药品供应保障机制”部分提出“优化药品购销秩序，压缩流通环节，综合医改试点省份要在全省范围内推行‘两票制’；积极鼓励公立医院综合改革试点城市推行‘两票制’，鼓励医院与药品生产企业直接结算药品货款、药品生产企业与配送企业结算配送费用，压缩中间环节，降低虚高价格”。
当前医药企业主要存在两种营销模式——底价招商模式和佣金招商模式。
底价招商模式是指医药企业以底价先款后货的方式与代理商合作。在该模式中，代理商控制药品的销售渠道以及销售终端。该模式又分为底价代理、底价开票和底价代理、高价开票两种形式。
1、在底价代理、底价开票的模式下，制药企业以底价开票给代理商，一般开具中标药品价格的20%左右，流通环节余出4倍利润空间，再经过多个中间环节加价，最终销售给终端客户。
2、在底价代理、高价开票的模式下，制药企业一般给商业公司开具药品中标价格的90%左右。对于底价与高开票价格之间的缴税额，两者自行协商如何承担。一般小型制药企业或者竞争激烈的品种多选择底价开票模式。
佣金招商模式则是医药企业控制渠道，代理商控制销售终端，医药企业根据代理商的销售量向其支付佣金。该模式采用高价开票方式。在佣金招商模式下，一般需要药企自建终端队伍，外企、大型制药企业一般选择此模式。
众所周知，我国公立医院“以药养医”的现象普遍存在，为此，药品供应商需要从药品费用中为医生预留回扣，然而该部分无法开具发票，需要通过各种途径(倒票)洗出这部分现金。
在底价开票模式中，回扣一般从流通环节预留，医药代理商主要通过过票完成;在高价开票模式中，回扣一般从医药企业预留，通过虚开交通、餐饮、原料、咨询、会务等费用洗出现金，并逃避所得税。
因此，整治混乱的药品购销秩序，压缩流通环节，打击过票、走票成为相关部门的重要任务，“两票制”与“营改增”也就在上述背景下相继出台。
总体而言，“营改增”能够规范税收，避免重复征税，压缩过票、走票的生存空间。具体而言，对于医药工业，企业的一些经营费用(成本)可作为进项税用于抵扣销项税从而减轻增值税税负;
相比于来源庞杂的营业税，增值税同属一个体系，可追溯性强，因此找票冲账的行为会受到极大的限制，由此逃避所得税的行为也会受到遏制。
一般纳税人能够独立开出增值税专用发票，客户为了实现进项税额的抵扣更愿意购买医药企业的产品或服务，医药企业也可以因此获得稳定的客户，分享增值税带来的业务新机遇。
与此同时，医药企业在成为增值税纳税人后，集团内部企业之间的关联交易将不再重复缴纳营业税，公司购买的外包服务等也可以纳入进项抵扣，有利于企业精细化和专业化的分工协作，有利于企业向更高目标发展。
“营改增”配合“两票制”对于规范药品流通环节的购销秩序，打击过票、走票行为，可谓连环杀手。“两票制”的直接效果即为压缩药品的流通环节，提高药品流通市场的集中度，进一步来讲，流通领域的过票、走票行为将逐渐消失。
然而，“两票制”对于降低药价并无效果。压缩流通环节虽然可以减少流通环节的加价，但是“以药养医”的存在，只会使得加价环节上移，也就是说，药品出厂价大幅增加，制药企业将会选择底价高开或者佣金招商模式，从而预留出“以药养医”的费用。
此外，“两票制”具有强化“药品集中采购”合理性的作用。因为“以药养医”的存在，“省级药品集中采购”并不能真正降低虚高药价，流通领域四倍的利润空间可见一斑;同时二次议价、药交所平台等采购形式的施行，使得“省级药品集中采购”只是发挥了准入门槛的作用，实际意义并不大。
然而推行“两票制”，能名正言顺地使制药企业提高药品出厂价(当然药企并不一定心甘情愿)，抹去因流通环节过多而产生的药价虚高现象，从而维护“省级药品集中采购”的合理性。
2016年医改主要任务提出要在八个医改试点省份分别为安徽、福建、江苏、青海、陕西、上海、浙江、四川。推行“两票制”，鉴于“两票制”对于规范流通市场、强化监管的正面意义，全面推广的可能性很大。
对于制药工业，“两票制”使得制药企业转为采用高价开票的营销模式;“营改增”则使其选择与能够开具正规发票，学术推广能力、商业配送能力强，终端覆盖率高，业内信誉度高的商业公司合作;
至于利润如何在制药企业与医药商业公司之间分配，需要两者协商。但是因为“以药养医”的存在，两项政策并不会遏制回扣、洗钱等行为，洗钱的成本将更高、隐蔽性将更强，主要途径上移至制药工业中。
流通环节的压缩，使得医院回款成为牵制医药工业、商业发展的重要因素，如不能良性循环，三角债问题的影响较大。需要指出的是，两项政策对药品的招标报价都没有任何影响，也无益于降低药品价格。
对于医药商业，两项政策可能带来流通市场的大洗牌。
“两票制”直接压缩了流通环节，使市场集中度提高，有业内人士预测，国内13000家商业公司可能缩减为3000家左右。专业过票、走票的商业公司基本没有生存空间，大批医药自然人将被淘汰出局。
如上文所言，信誉度高、规范性强、终端覆盖销售能力强的大型商业公司的市场空间较大。但是，在新的形势下，不同地区可能对配送企业提出不同的要求。
