这是因为：
急性肠炎时，由于进食大量细菌污染食物或经常使用抗生素，肠道正常菌群被杀死，耐药菌生长繁殖过度，耐药菌代替了宿主菌，引起急性腹泻症状。感染性腹泻产生的基础是由于多种因素导致肠道菌群失调，从而原籍菌孰料减少和菌群比例失调。急性菌痢时，每克大便约含有105个痢疾杆菌，87%的常驻菌消失或仅剩下102以下。溃疡性结肠炎时，虽然病因还不是很清楚，但是菌群失调非常明显，常表现胃原籍菌大部分小四号，而某一种菌种大量增加。除溃疡渗出和对肠道刺激作用外，肠道菌群失调是其腹泻的主要原因。
纠正菌群失调是治疗肠道感染的基本条件，治疗感染性腹泻的目的就是要创造各种有利细菌的分布比例，选择人体需要的细菌代替在肠道暂时“喧宾夺主”寄生下来的致病菌，形成一个致病菌无法生长、有利于肠道功能正常发挥的良性条件。这个过程就是由于益生菌制剂治疗肠道感染的过程，也是纠正肠道菌群失调的过程。只有纠正了肠道菌群失调，感染性腹泻就有可能得到治愈。
益生菌制剂应用给肠道感染治疗带来了希望。在益生菌制剂生产和应用于市场之前相当长的一个时期，如果遇到肠道感染性腹泻，只能与其他感染性疾病的治疗一样，应用抗生素治疗。由于大部分致病菌被抗生素杀灭，感染性腹泻的症状从而得到缓解。腹泻症状停止后数日内，人体通过进食、消化、吸收功能逐渐恢复，肠道正常寄生菌获得再生繁殖。但是应用抗生素治疗肠道感染，除了治疗以外，还有许多毒副作用。常见的有：过敏、肝功能、肾功能、神经毒性、造血系统损伤和胃肠道反应等，而活菌制剂却无上述毒副作用。因此说明益生菌制剂的应用给肠道感染治疗带来了希望。
