来源：e诊所
1、身份：为国家服务，却没有编制。当下推行的镇村卫生服务管理一体化进程中，村卫生室要接受上级卫生机构对其业务的管理和考核，但村医身份并没有改变，仍然是农民，以至于村医的待遇及养老问题无法解决，而这两样不能合理的得到解决，就会导致村医转行，后继无人等问题，大部分村医不愿意让自己的儿女继续从事乡村医生工作。
2、养老：我身边有一位老村医，做村医30余年，现在老了，没有行医能力了，自己和老伴又都有病，就连自己的医药费都成问题！虽然个别地区已经努力解决乡村医生的养老问题，但是一个月几百元很难解决老村医生活问题。
3、与卫生院的关系：卫生室和卫生院本应是指导的关系，但现在成立上下级的关系。卫生院权力过于集中，滥用职权，即是利益分配者，也是获得者。
4、村医医疗风险极大，一旦发生医疗纠纷，主要承担方是村医，少则十几万，多则几十万赔款，高额的赔款即使村医倾家荡产也难以承受。村卫生室法人代表不明确，有的地区村卫生室的法人是当地村主任，虽是法人却不承担法人的义务与职责，形同虚设。
5、村医渴望学习，但培训机会少，多数流于形式，临床实用技术少，对村医诊疗帮助不大，导致村医不愿意参加培训。缺少奖励机制，学不学一个样，有没有证也一个样！具备执业医师资格与乡村医生资格一样，以及繁重的工作导致村医没有时间系统学习，因而大部分村医不愿意考取执业医师资格。
6、基药种类少，质量参差不齐，药品价格变动导致村医用药过于局限。
7、设备单一：基本上还是老三样：听诊器，血压计，体温计，设备的简单往往导致误诊。
8、工作强度大，24小时待岗，公共卫生压力大。村医一人要负责书写处方，门诊日志，门诊病历，消毒记录，药品记录等等多项记录，还要负责本村的妇幼保健，计划免疫，健康宣教，各种疾病管理等等。
9、合作医疗补助款发放延迟。补助款被截留，克扣等等现象，根本原因是监管单位与拨款单位是同一个机构，正常应该卫生行政部门只负责监管，村医的补助应该直接拨到乡村医生个人银行账户上。
10、公卫补助款发放延迟甚至克扣。
11、村民要求上门出诊的需求与医疗风险的矛盾。在农村去患者家巡诊治疗，已经形成一种村医工作的模式，但出诊往往又加大了医疗风险，没有相关法律对村医出诊进行保护。
12、个别省份健康档案分配不合理，分配的是卫生院做60%的工作，村医做40%，但村医却干了100%。
13、村医收入减少：零差价、卫生院恶性竞争至使病源减少、不合理收费（新农合管理系统软件费用，健康档案软件管理费用，包括电脑都需要村医自己支付。有的村医反应当地上级管理部门还摊派下来一些药品，报纸，手机等等。
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