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药店的药品分类要符合相应的规定。《药品经营质量管理规范》（GSP）要求，药品应按剂型、用途以及储存要求分类陈列和储存。
药品的剂型
一般包括片剂、胶囊剂、丸剂、颗粒剂、散剂、注射剂、糖浆剂、口服液、软膏剂、眼膏剂、滴眼剂、滴耳剂、滴鼻剂、酊剂、栓剂、喷雾剂、气雾剂、外用贴剂等。
药品的用途
即药品的适应症或功能主治。
药品的储存要求
是指存储条件，如有的需要放到阴凉柜（区），有的需要置于冷藏柜，还有的只需要放在常温区域即可。
药品与非药品、内服药与外用药应分开存放；
易串味的药品与一般药品应分开存放；
处方药与非处方药应分柜摆放；
特殊管理的药品应按照国家的有关规定存放，如按照药品储存要求放到对应的阴凉柜（区）、冷藏柜或常温区域内。
药品与非药品
凭借药品批准文号进行区分。
药品：包括西药（国药准字H）、中成药（国药准字Z）。
非药品：保健品、消毒消杀、医疗器械等。
内服药与外用药
内服药：供口服、经口腔消化道吸收的药品。
外用药：外用涂抹软膏、喷剂、栓剂，滴眼、耳、鼻液等。药品包装上明显标有红底白字——“外”。
处方药与非处方药
处方药：凭医师处方销售、购买和使用。
非处方药：在医师指导下，患者可自行购买和使用的药品。药品包装右上角标有“OTC”字样，红色为甲类非处方药；绿色为乙类非处方药。
特殊管理药品
国家有专门规定的药品要专柜摆放，如含麻黄碱类的复方制剂和复方甘草片等，凭医生处方和出售数量要求销售。
阴凉柜（区）放置的药品
一些心脑血管类药物，众多的抗生素类药物，眼药水等液体药物，栓剂、膏剂类药物，儿童用药，维生素等营养类药物等按照储存要求放置到阴凉柜（区）内。
冷藏柜放置的药品
药品冷藏柜主要存放需低温保存的药物，如胰岛素制剂等。
现在药店一般总的大区分为：处方药、OTC、保健品、医疗器械、消毒消杀、中药饮片等六个区域。
而药品摆放则是按功能主治来划分的，大多数按照以下种类及类别进行摆放：
抗菌消炎类、心脑血管类、降糖类、胃肠类、肝胆肾类、抗感冒类、清热解毒类、呼吸系统类、风湿类、维生素及矿物质类、养血安神类以及其它类。还有儿科类、妇科类、皮肤、骨伤、五官类等。其中，中成药、西药、外用类药品分类穿插其中。
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